海军省负责海军方面的政策、动员、预算、武器研制等军政问题，军令部负责军令下达，联合舰队司令官负责实际指挥。

陆军大臣和海军大臣才能参与政治，如果陆军和海军对内阁不满意，可以不派出人员出任陆军或者海军大臣，使内阁倒台，没有海陆军大臣的内阁，还能算内阁吗？所以就会出现军人掌握国家政策，因为不听军队的，内阁总理大臣也得下台。

再介绍陆海军共同的中央机构，这主要有和平及战争期间都设置的元帅府和军事参议院，以及战时设置的大本营。

元帅府可以理解为海陆军元老汇聚的地方，其称呼也不是海军元帅或者陆军元帅，而是元帅陆军大将、元帅海军大将。一般不参与战事，作为天皇的军事顾问存在，当遇到超出方面军战事的时候，会在方面军上面设置‘总军’，这时候会以元帅府的元老直接参与战事，同时这些人又是军事参议官。

大本营下辖的机构大部分是参谋本部和军令部的机构，大本营会议由天皇、参谋总长和次长、军令部总长和次长、参谋本部第1部长（负责作战事务）和作战课长、军令部第1部长和作战课长组成；陆军大臣和海军大臣列席会议，但没有发言权。大本营中不包含内阁总理大臣、外务大臣等政府文官大本营政府联络会议负责在大本营和政府之间协调。

介绍完了岛国的指挥系统，然后你们会发现，守护君在小说正文都写的啥玩意！其实吧，写多了职位麻烦，守护君干脆把陆军省和参谋本部，海军省和军令部，这两套班子给合并了，哇哈哈，这么久了居然没有一个出来说守护君书里的日军指挥机构有问题！