朱由桦遍观南明诸镇，把第一个目标锁定在了武昌左良玉身上，鉴于东林和左良玉政治上的暧昧关系，朱由桦决定先从东林入手……
十一月初，皇帝一改对东林党的谨慎克制之态，任命户部尚书阮大铖兼任右副都御史，负责查处北都沦陷时变节的朝臣，清算汉奸。
阮大铖眼见报仇有望，欣喜若狂，立即召集亲信旧人杨维垣、虞廷陛、郭如暗、周昌晋、虞大复、徐复阳等人齐聚府邸，加班加点，连夜筹备起来，将变节的叛徒分为三类：一类是免强投敌，尚存一丝廉耻；第二类是投机分子，十分无耻；第三类是禽兽不如，毫无廉耻。代表人物分别是魏学濂、周钟和龚鼎孳。
魏学濂是东林元勋魏大中的次子，在学术上有一定的名声，崇祯十六年考中进士，此后常慷慨表政见，引起关注，崇祯亲自接见了他并打算任用他，就在这时，李自成攻克了北京。后来魏学濂被李自成录用为户部司务，并加入对李自成歌功颂德的行列。
周钟是复社领袖，和魏学濂同年考中进士，但是周钟的成绩更好，高中榜眼，并被授庶吉士，庶吉士属于翰林院，品级不算高，却属于皇帝近侍，明代有不少尚书和大学士都是庶吉士出身，可以看做是内阁辅臣的后备人才。北京沦陷后，此人先是认贼作父，以榜眼拜倒在举人牛金星门下，又按照牛金星指示，写了一篇《士见危致命论》，号召别人像他一样改换门庭，牛金星对这篇文章表示赞赏，周钟沾沾自喜，逢人便夸“牛老师知遇”。
周钟还劝李自成早正大位，写了一篇《劝进表》，文中鼓吹李自成“比尧舜更多武功，较汤武尤无惭德”，贬抑崇祯为“独夫授”，吹捧李自成“四海归心”。其溜须拍马，忘恩负义的丑恶嘴脸跃然纸上。
更为可恨的是，他还写了一篇下江南之檄，劝李自成早下江南，底定天下。崇祯死后，尸体被草草安放在东华门外的一副原本用来安葬穷苦的人的薄皮柳木棺材中，周钟几次从先帝遗体前经过，不仅不哭不拜，竟然连马也不下，径直打马而过。
周钟的无耻程度另人指，但还到不了空前绝后的程度，因为还有一个人比他更无耻，此人就是大文豪龚鼎孳。
龚鼎孳与钱谦益、吴伟业并称“江左三大家”，少年聪慧，十八岁考中进士，任湖广蕲水知县，后因才能出众，调任兵科给事中，给事中属于言官，龚鼎孳在弹劾别人方面毫不含糊，他创造了“一月书凡十七上”的纪录，其中有“大奸本乎大贪之疏，政本关系安危、已误不容再误之疏、纠论怙恶之疏……庇贪误国之疏”等著名谏章，前后弹劾过周延儒、陈演、王应熊、陈新甲等权臣，直声满于朝垣。然而当自己面临选择的时候，他的表现比谁都要无耻，“闯来则降闯，满来则降满”，气节沦丧，至于极点。不忠必定不孝，在父亲去世奔丧之时龚鼎孳仍然放浪形骸，夜夜狂欢。
这三人争着向李闯谄媚，向别人吹嘘那些为李自成和大顺政权歌功颂德的句子是自己想出来的。然而他们没有想到的是，李自成这么快就完蛋，作为叛徒，他们的处境很尴尬。
这三个人只是典型代表，类似还有不少，史可法的堂弟史可程也投降了李闯，此君不仅在大顺政权中任“伪官”，还写信给史可法劝他也投降。这让史可法很为难，为了保护党人和弟弟，他请求新皇给变节的朝臣以出路。
除了史可程，复社的一群小白脸杨汝成、项煜、陈名夏等人也变节投降过李闯，其中有不少人参与了当年驱逐阮大铖的活动。
当年在那次运动中阮大铖就像一个过街老鼠，被东林和复社子弟们围着追打，他狼狈地逃到南京郊外，很长时间不敢再抛头露面，这给他造成了极大的精神创伤。然而当年那些驱逐他的“正人君子”中有许多人成了汉奸、叛徒和卖国贼，成了极其可耻的贰臣，成了人民公敌。
因此当南京的复社子弟们为他们那些不争气的社友的无耻行为痛心疾，咬牙切齿的时候，阮大铖笑得露出了后槽牙。疾风知劲草，板荡时识诚臣，在阮大铖看来，东林和复社的文豪和“正人君子”们关键时候的表现似乎说明了两点：一是学问越大越无耻；二是以君子自居的往往是真小人。现在是揭开这些伪君子们的伪装的时候了。
经过一番周密的筹备，崇祯十七年十一月初，大理寺颁布了对从贼官的惩处条例。
条例规定：罪重者磔、斩，罪轻者绞、流，抄家。以下五种情况当处以斩刑：一是从贼一起攻打北京的；二是邀贼入京并为贼撰写文告的；三是担任伪顺三品以上官职的；四是所有降贼的督抚和总兵；五是所有主动助贼策划夺取地方的翰林院官员和科道官。其它十一种从贼官将受到较轻的惩处，主动自的，将宽大处理。为了搜捕叛徒，锦衣卫联合御营亲军，缇骑四出，展开了轰轰烈烈的抓捕行动。
数千人行动起来，烟尘滚滚，鸡飞狗跳，声势颇为惊人，城内的百姓得知了变节人士的名单后，俱都怒火填膺，高喊着诛杀汉奸、国贼等，蜂拥而至，一路紧随，搜捕大军里不断有百姓和爱国士绅加入，帮助朝廷缉拿叛徒。
随着行动的迅速展开，雷演祚、杨汝成、项煜、魏学廉、周钟等人先后被投入大狱，也有一部分东林叛徒如陈名夏、顾杲等人见机快，在社友的暗中庇护下，连夜乔装打扮，仓皇地逃出南京，这些出逃的人怀着仇恨的心情一部分选择北上投鞑，还有一部分人投入左良玉的大营中寻求庇护。
当锦衣卫缇骑到湖广向左良玉要叛徒的时候，叛徒陈名夏、顾杲等人在左镇庇护下公然聚众拒捕。锦衣卫被迫空手回京复命。
十一月初八，早晨，朝霞刚刚穿破云层，南京各城门便缓缓开启了，商贾百姓们从打开的城门涌进，争先恐后的向城中菜市口汇聚。