旱魁击杀飞廉屏翳以后，黄帝乘胜追击，指挥兵马摆出从龙甲神章中悟出的奇门遁甲之阵，大败蚩尤军队。

与此同时，东皇太一得知自己的九个儿子死在后羿箭下，震怒不已。他亲身降临，同蚩尤的将领展开大战，东皇太一神力无边，他只身一人大败蚩尤的八十一的兄弟，活捉了神荼，郁垒，并以飞轮斩杀了蚩尤手下的后羿和银灵子。

蚩尤的人马惨败，死的死，降的降，最后只留下他一人顽固抵抗，无奈他身负神战八荒之力，就连东皇太一也很难将其击杀，只能用一口巨钟将其镇压，并用钟声震碎了蚩尤的魂魄，使蚩尤无法反抗。

轩辕黄帝则取一块混沌玄铁铸成了一套枷铐，锁住了蚩尤，将其流放到黎山之丘，等到在七星耀月之时，聚日月星辰四象之力将之斩杀。

蚩尤死后，他身上的枷铐被摘下抛在大荒之中，沾满斑斑血迹的枷铐，顿时化作了一片枫林，那一片片鲜红鲜红的枫叶，似在诉说着蚩尤的怨恨。

轩辕黄帝怕蚩尤死后还要作怪，便把他的身分开：级被安置到一处仙山之上，伏羲与女娲两兄妹分别施法将之封印，女娲以自身灵力化为一块仙石把蚩尤之封印其中，伏羲则在仙石之上按周天政历，九宫八卦布下禁制，使蚩尤之无法破石而出；身躯被打入幽冥地底的最深处，东皇太一布以十方幽冥混沌之力镇压，但是蚩尤的怨念难平，镇压之处还是常常冒出一股红色的雾气，直冲云霄，仿佛是一把冲天的利刃。

涿鹿之战最终以轩辕黄帝胜利告终，这场远古的大战造成了混沌初开以来最大的一次伤亡，数以万计的洪荒人族相继陨落。

远古大战结束，伏羲，女娲借此机会退位让贤。而东皇太一被众人推选为号令万天的神皇天帝，轩辕黄帝则成为了号令万地大地皇者。