但是，帝国力量的进入，对于当地原有的政治社会生态构成了外生变量，两者开始了相互塑造的过程。仍以黔西北的彝族地区为例，在历史上，当地土著领的权力继承关系并不是父终子及的规则，对应地，当地的家族结构以及世系的记忆，都与这种多样化的继承结构相关联。这与草原上不能父终子及的继承原则有所类似，但并不相同。草原上主要是为了确保领的战斗能力；山区里更主要的是为了形成更加灵活的家族结构和财产分配结构，以便于迁徙，规避其他统治力量的干涉。随着明帝国统治力量的进入，当地的继承规则从明中期开始转为嫡长子继承的父终子及制度。<span class="ark" ttl="温春来：《从“异域”到“旧疆”：宋至清贵州西北部地区的制度、开与认同》，第110页。"> 这意味着土著部落内部的权威结构生了变化，家族结构和财产分配结构也生变迁，从而意味着整体社会结构必将经历改造。过去那样一种灵活的、易于规避外来统治的社会结构无法再持续，帝国力量得以继续进入。
在帝国统治技艺当中，君主与平民结盟，以对抗、压制作为社会中间机制的豪族和官僚，又与豪族、官僚结盟，来压制平民的过度反抗，最终形成君主、豪族（或官僚）、平民之间的力量均衡，君主居间进行全局性的操控，这种统治技艺在土著地区被小规模地复制出来了。改土归流之前，黔西南的百姓、家奴等依从不成文的传统，对土目有着高度的服从关系；改土归流之后，地方官员书面保障家奴的权益，纵容他们适当地背弃主人，禁止土目参与缉捕事务等，原有的不成文惯例的约束被大量打破，土目在地方的权威与控制力大幅衰落。而流官不会任由家奴无顾忌地对抗土目，他们会在打击土目与不让其完全丧失权威中间寻找一个最佳均衡点，从而使得帝国官员成为当地最高的操控者。<span class="ark" ttl="参见温春来《从“异域”到“旧疆”：宋至清贵州西北部地区的制度、开与认同》，第196—202页。">
对愿意与帝国合作的土著来说，其在与其他土著的竞争中能获得独特的优势，合作者便会逐渐呈现出汉化的趋势，以获得帝国系统更多资源的支持。竞争失败或不愿合作的则会向大山的更深处，也就是河流的更上游迁徙，以保持自己的原有特征。随着当地原有社会结构的瓦解，秩序的重构过程形成了一种“歧视链”的结构。
以川西北羌族地区为例，到了民国时期，当地的自我认同呈现为：住在河流下游的人，自视为汉人，将上游的人骂作“蛮子”；而他们本身又会被更下游的人视作“蛮子”。<span class="ark" ttl="参见王明珂《华夏边缘：历史记忆与族群认同》第十二章《一个华夏边缘的延续与变迁》，社会科学文献出版社，2006年。"> 在汉人自己的历史叙述当中，所形成的对于汉与羌的界别意识，则伴随着汉人控制地区的不断拓展而不断变化。汉人的自我意识，也在与西南族群的互构过程中生着变化。温春来的研究进一步现，这样一种汉化的过程，土著精英所改变的可能更多是文化认同，而非族群认同，他们在很多场合声称或者伪装出汉人的身份，但在内心深处仍然有着土著的认同，他们所认同的是帝国王朝及其所认可的礼俗与正统儒家思想，而非认同于汉人的身份。<span class="ark" ttl="温春来：《从“异域”到“旧疆”：宋至清贵州西北部地区的制度、开与认同》，第309页。"> 这意味着文化认同与身份认同的分离。东亚方向的日本、越南等国，在近代早期也陆续出现这种分离。<span class="ark" ttl="可参见本书第四章第三节的相关讨论。">从中可以透视出儒家文化与儒家帝国的传播极限。在边缘地区方可以看出，这两种极限有着相当的不重合性，这是非常值得玩味的。
不重合性的体现之一，就是西南地区在历史上持续的自治倾向。虽然帝国的统治通过改土归流深入到了西南，但当地的帝国官员也有其独立于帝国之外的利益，他们会依凭西南在地理空间上的相对独立性，而与帝国中央有某种疏离性。无论是唐宋时期的南诏、大理，还是后来的吴三桂，中央政权对于西南的控制总是相对薄弱的，更不用说作为大西南地区核心的四川，人所熟知的“天下未乱蜀先乱，天下已治蜀后治”。
西南作为币材矿藏的最重要来源地，当地自铸货币的能力很强，民间私铸钱的数量非常之大。云贵川等省的山区移民大量私铸，广西的私铸现象也非常普遍，因为它可以通过水路与云南和贵州相互联系。到乾隆末期，西南地区已经是帝国的私钱中心；铜、铅等币材向帝国中心区运输，以汉口作为最重要的中转地，云贵川的私钱也大量地聚集在了汉口。<span class="ark" ttl="参见林满红《银线：19世纪的世界与中国》，詹庆华、林满红等译，江苏人民出版社，2011年，第30—31页。"> 币材的丰富，为帝国官僚在西南的自治倾向奠定了财政基础；民间私铸的盛行，则使得这个地方的民间自组织能力更加强大。一系列深刻影响帝国命运的历史事件，比如，并称为晚明天下两大患的辽东边患与黔省苗乱，太平天国起义起于广西，同步于太平天国的云南动荡，大清最终亡于四川保路运动，乃至清末两湖地区远大于其经济比重的政治影响力，等等，都与这样一种山川风土的地理及人文结构有关。
西南也正因其地理特征，而成为普遍帝国内部一个独特的功能区。在汉末，隗嚣于陇地独立之后，便开辟了与西域的交通，又与蜀地在经济上形成支援，西南与西北通过特定的交通路径，互为支撑以对抗中原帝国。蒙古帝国征服南宋，也是以对西北与西南的联立征服，形成大包围，而得以成功。嗣后的明清大一统帝国，都通过始自西南的茶马古道，而形成对于草原边疆的某种控制机制，一如明太祖所设的“以茶制戎”之策。<span class="ark" ttl="茶马贸易起自唐宋时期，盛于明清。茶马古道上贩往西北的茶叶，主要来自四川以及陕西汉中。从生态地理上说，汉中也属于广义的大西南，算是西南的最北界。参见魏明孔《西北民族贸易述论——以茶马互市为中心》，《中国经济史研究》2001年第4期。川茶对于治藏的重要作用，可参见本书第五章第二节第四小节的相关论述。"> 帝国的治理，因山川走向，而使得西南与西北之间形成了深刻的联动关系。
另一方面，张骞通西域时，就现当地有来自印度的蜀地产品，这证明在很早以前，西南已处在将中原与东南亚、南亚联系起来的中介地位。大山耸立使得西南成为土著地区，大川的流动却使其有可能成为东南亚的中心，成为中原帝国向东南亚间接辐射影响力的一条陆上通道。到了近代，法国人将印度支那变为其殖民地，通过西南山川河谷的陆上通道，将自己的影响力辐射到西南地区。因此，西南虽然较之中原地区交通不便，却更得风气之先，成为一系列现代知识与技术传入中国的重要通道，也成为基督教传入的一条重要通道。云南陆军讲武堂甫一成立便成为与北洋讲武堂、东北讲武堂并立的三大讲武堂，后成为与黄埔军校、保定陆军军官学校齐名的军校，培养出数百名将军。烟土是那个时代的通货之一，因其气候条件，云南拥有质量上乘的“云土”，云南地方军阀由此获得了额外的财政来源，从法属印度支那源源不断地购买先进武器，再加上讲武堂培训出的高水准军官，滇军一时有“精锐冠于全国”之称。
虽精锐如此，但因交通不便，滇军始终只能作为地方性力量存在，难以形成全国性的影响力。这实际上隐喻着西南的政治属性，无论是在古代还是近代，它始终作为中国历史当中的一条支线，虽无法形成全国性的影响力，却也是无法忽视的历史主体。而儒家地区，正是通过这样一种从平原到雪域高原的过渡地带的存在，有了自己的边界意识，才更清晰地认识自身。