有了这个头衔后，陈敬云立即组建了东南宣抚使府，并在宣抚使府下设：军务部、民政部、财政部、外交部、司法部、工商部、教育部、交通部、监察部。本来是不打算设部的，这是为了避嫌，毕竟用部的话很容易给人造成独立地方政权的印象，而这一点是北洋中央政府坚决反对的，陈敬云要设立这些部门他不管，但是不能大摇大摆的搞一个和中央政府一摸一样的机构，但是为了不给人示弱的印象，同时陈敬云也懒得改来改去，就直接用部了。北洋虽然反对了一二，但是其他省政府基本也都是设部，见陈敬云不搭理中央的反对之后也就不出声了，反正双方都预备着下一次的战争，这些枝节小事暂时也就不管了，等打败了国民军之后，这些东西自然也就没了。
同时陈敬云给袁世凯去电，建议取消各省都督一职，以军政分离，设省长统辖政务，军务由军队系统管理。这本来是陈敬云为了解决闽浙两省内的复杂机构而建议的，但是原始到这却是眼前一亮，当即大笔一挥就是以中央下令，取消各省都督，设省长管辖一省政府，军务由护军使管辖，两职不得由同一人担任，此举自然是为了分化那些地方军阀的军政大权。
这本来是陈敬云为了方便自己的建议却是让袁世凯找到了机会，一时间让各省都督埋怨不已，加上袁世凯又不是简单人物，选择性的任命各军阀为省长或者护军使，比如广西的陆荣廷就被袁世凯撤销了广东都督后，改任广东护军使，但那时同时又任命了张鸣岐这个前清两广总督前往广东任省长。至于这张鸣岐去了了广东后有没有搭理他就难说了，因为广东形势复杂，广州以东地区都还在国民军控制当中呢，陆荣廷不过是控制了广东西部的部分地区。这张鸣岐要来广州上任广东省长的话，可就是在国民军的地盘上。相对于袁世凯的这个安排，陆荣廷非但没有沮丧，反而是很好奇这张鸣岐和国民军以后发生冲突的时候会发生什么有趣的事。
不说其他省份因为撤销都督造成什么影响，但是在闽浙两省内却是没有造成太大的轰动，这两省早已经在陈敬云的掌控下了，而且国民军自从一开始开始就是实行了军政分别，文官系统和军队系统是分离的，谁也管不了谁。
而这宣抚使府的设立很多成面来说就是从国民军司令部的诸多下属机构调拨而来，比如正在准备筹办的内政处，又比如筹饷处这些都会移植到宣抚使府中。虽然撤销了两省都督，顺带着两省军政府都一并撤销，但是随之出现的却是宣抚使府。
而谁都知道，这个宣抚使府的各种机构基本就是按照中央政府的机构设立的，而宣抚使下设的各部部门的位置被人都眼睁睁的盯着呢。
比如郑祖荫，自从一得知要成立宣抚使府后，他就是经常求见陈敬云，虽然都是借口回报工作之类的，但是言论中更多的是谈及自己对民政工作的经验和能力等等，他的某图很明显，那就是宣抚使府民政部总长这个位置。现在他郑祖荫就是福建省的民政部总长了，而基于军政分离的状态，他之前这个民政总长可以说已经是掌管了福建一省的民政事务，和新设立的省长职能是极为相似的。如果让他转任省长的话，那可以说就是原地踏步，而人都是想要往上爬的，所以这民政部部长这一职位他是志在必得的。
可是他更明白，哪怕自己再有信心，但是还是需要陈敬云点头和支持。没有陈敬云的支持他只靠自己是爬不上去的，毕竟他的竞争者还有很多呢，比如那个一到福州就上下联络，先任陈敬云内政顾问，后任司令部内政处处长的岑春煊，郑祖荫知道这个人是自己的劲敌，而对方又是前清重臣，抡起威望来自己是万万不能比的，但是他郑祖荫也是有优势的，他可是和陈敬云一起从福州起义一起走过来的，而后又一直管理福建民政事务，为国民军的大力扩张提供了稳定的大后方，这份功绩他自认国民军体系文官当中，没人能够比得多他了。
除了岑春煊外，原来的浙江都督蒋尊簋也是个不小的威胁，还有其他几个官员大小也是个威胁。所以在没有得到正式任命前，郑祖荫可是很积极的去陈敬云的府上奔走。
除了民政部总长这个重要位置外，其他几个部门的位置同样有诸多人关注，比如财务部、军务部、监察部等。不过这些位置的任命不是失去了重要意义就是人选差不多已经内定，比如军务部，陈敬云已经明确表示，军政必须保持分离，国民军司令部将会继续保持原状不变动。所以注定这个军务部和原来的省军务部一样是个闲职，只是表面功夫没什么实权。这也是陈敬云为了防止军队内部出现动乱的手段。而财务部内，基本上除了安华林外就没有其他人可以竞争了，安华林已经和华夏银行的陈敬海号称陈敬云的两大财神。而华夏银行的陈敬海掌管的乃是陈府自家产业，基于影响问题陈敬云不可能把他掉入宣抚使府内任职重要官职的，不然一个任人唯亲的帽子陈敬云就得戴上了，而筹饷处的副处长庄楠资格还差了点，其他几个财政系统的官员就更提不上台面了。
还有监察部，也可以预计是会有原福建军政府的监察部总长韩辰旭担任，这个人虽然比当年的官屠岑春煊没那么大的杀伤力，但是自从被陈敬云提上来后栽在他手里的官员可不少，寻常官员见他就跟见老虎狮子一样得绕着走。
在众人的一片猜测中，陈敬云很快宣布了宣抚使府下设各部的任命，民政部总长由郑祖荫担任、岑春煊担任次长。财政部总长由安华林担任，庄楠担任次长，次长由林文英担任，军务部暂时空缺不设。监察部总长由韩辰旭担任。工商部总长由洪子泰担任、外交部总长由林长明担任，其他的交通部、司法部大多数也都是由闽浙两省军政府的其他高级官员担任，总体上来说变动不大。
然后福建省长由高泽炎担任、浙江省长由蒋尊簋担任。撤销两省军政府后，改组为省政府，下设各厅。
这一番文官系统的调动里头，升职的人占据了大多数，自然是高兴的人多，当然不高兴的人也有。比如林文英，被陈敬云掉入了交通部当总长，这一个调动可以说彻底让林文英和军界脱离了关系，让林文英有些不满。